L’objectif - ou du moins l’un des objectifs principaux - d’un LIMS est de pouvoir s’appuyer sur celui-ci en tant que référentiel central pour tout ce qui concerne le laboratoire. Cependant, le LIMS représente le centre informatique d’un laboratoire mais il est tout aussi capable de communiquer avec d’autres instruments et systèmes.
Un responsable de laboratoire peut connecter de nombreux types d’instruments au LIMS, et ceux-ci sont classés en deux catégories : « instruments simples » ou « instruments complexes ».
Instruments simples ou complexes
Quelle est la différence ?
Un instrument « simple » est défini comme un instrument qui utilise un protocole comme le RS-232. Ils peuvent:
- Générer des résultats de test bruts sans connaître les ID d’échantillon
- Recevoir des commandes synchroniquement
- Envoyer des réponses si besoin.
Les balances de poids ou les pH-mètres sont des exemples de ces instruments.
La connexion avec des instruments simples devrait être... évidemment... simple.
LabVantage dispose d’une solution complète prête à l’emploi pour connecter des instruments simples, une fonctionnalité ne nécessitant aucune licence ou logiciel spécial.
Les instruments complexes, en revanche, renvoient généralement plusieurs résultats; par exemple, pour plusieurs échantillons. Ils peuvent également être interfacés de manière bidirectionnelle pour recevoir des listes de travail. La communication avec des instruments complexes peut se faire soit par le biais de fichiers, soit par le biais d’une interface réseau (TCP/IP). Il s’agit par exemple des systèmes de chromatographie, ainsi que des solutions logicielles qui pilotent ces instruments (par exemple, Thermo Chromeleon ou Agilent OpenLab).
LabVantage SDMS
LabVantage facilite l’intégration d’outils de laboratoire complexes grâce à notre SDMS. Le module offre de solides capacités de lecture/écriture/envoi/réception et de transformation de données pour exploiter la puissance de l’instrumentation de votre laboratoire.
Les pilotes SDMS sont basés sur le puissant programme ETL Talend Open Studio. Il s’interface avec des instruments complexes via des fichiers ou TCP/IP pour envoyer et recevoir des données vers et depuis le LIMS. Le module utilise ETL ( Extraire, Transformer, et Charger ), un acronyme standard de l’industrie pour les logiciels utilisés pour gérer des données qui peuvent être à la fois complexes et volumineuses.
Bien que les résultats d’instruments ne soient généralement pas considérés comme du Big Data, les logiciels ETL disposent à la fois de la puissance et du débit nécessaires pour traiter ce qui pourrait potentiellement être de très grands ensembles de données des instruments.
Une fois le module activé, SDMS fait partie intégrante de la plateforme LabVantage et apparaît dans l’application comme une page Web normale, pour la configuration et la gestion des données. De plus, des collecteurs SDMS supplémentaires - une fonctionnalité qui collecte les données à partir de sources de laboratoire - peuvent être installés sur d’autres serveurs ou ordinateurs qui exécutent des logiciels d’instruments de laboratoire.
Assurez-vous que votre piste d’audit est fiable
Pour les instruments et les logiciels qui écrivent des fichiers, un collecteur SDMS peut accéder à des systèmes de fichiers distants pour lire et écrire des fichiers et des journaux des instruments.
De nombreux responsables de laboratoire s’inquiètent de la question désormais essentielle des pistes d’audit, des notifications et des journaux. LabVantage SDMS résout ce problème de plusieurs manières pour s’assurer que votre laboratoire respecte les normes les plus élevées en matière d’intégrité des données.
Comment ça marche :
- Lorsque LabVantage SDMS reçoit des données directement sur le réseau ou détecte qu’un nouveau fichier d’instrument a été écrit, il récupère rapidement le fichier, analyse les données et importe ces résultats directement dans LabVantage avec une piste d’audit complète.
- Une fois les résultats publiés avec succès dans le LIMS, SDMS empaquette, crypte et place automatiquement tous les fichiers de données originaux dans un référentiel de pièces jointes, qui complète la piste d’audit pour les données saisies et originales avant l’analyse.
- En cas d’échec d’une transaction, les utilisateurs en sont avertis afin que le retraitement des données d’origine puisse être exécuté.
- SDMS conserve les données et les fichiers journaux originaux des transactions réussies et échouées dans le référentiel des pièces jointes afin que les laboratoires puissent les conserver pour des audits et une traçabilité ultérieurs.
Pilotes d’instruments LIMS D.I.Y. pour l’interfaçage d’instruments
Notre conférence CTEC annuelle est une excellente source d’apprentissage non seulement pour nos clients, mais aussi pour nous. Certaines des mises à niveau et des changements de plate-forme que nous apportons au LIMS LabVantage sont le résultat direct de notre interaction avec les utilisateurs.
L’une de ces fonctionnalités sont les pilotes d’instruments en libre-service. Plutôt que demander à LabVantage d'élaborer des codes pour l'installation d'analyses de données d’instruments complexes aux clients, les clients demandent depuis longtemps la possibilité de créer et de modifier leurs propres pilotes. SDMS permet aux clients de travailler en libre-service, même pour les pilotes complexes !
Talend Open Studio étant un outil ETL open-source, toute personne connaissant l’outil peut créer des pilotes SDMS. Et avec plus de 200 composants de glisser-déposer pour recevoir, transformer et charger des données, Open Studio est l’environnement optimal pour analyser et publier des données d’instrument.
La création et le déploiement de pilotes d’instruments sur un LIMS couvrent toute la gamme de difficultés. Certains sont plus faciles à développer tandis que d’autres ne le sont pas.
Les pilotes peuvent être aussi simples que la lecture, le mapping et la publication de données. D’autre part, ils peuvent impliquer une manipulation lourde des données et l’exécution de requêtes sur le LIMS pour collecter des données supplémentaires avant de les publier.
Les données complexes d’instruments sont difficiles à normaliser et à transformer pour être utilisées dans le LIMS. Bien que cela ait été plus vrai historiquement qu’aujourd’hui, de telles intégrations peuvent encore être délicates. L’utilisation de l’interface graphique d’Open Studio contribue grandement à simplifier cette tâche.
Interfaces d’instruments transparentes
Alors que les développeurs et les équipes informatiques veulent avoir la flexibilité de développer les pilotes les plus complexes, la plupart des utilisateurs veulent simplement une expérience transparente. SDMS a été conçu dans un souci de convivialité et d’accessibilité, en particulier pour les instruments bidirectionnels.
Une fois qu’un pilote a été développé, il peut rapidement être exporté et téléchargé sur LabVantage LIMS pour être utilisé par le SDMS. Le flux de travail du pilote est simple :
- L’utilisateur envoie la liste de travail à l’instrument.
- Le logiciel de l’instrument charge la liste de travail et l’exécute.
- Les données sont ensuite renvoyées directement au LIMS LabVantage.
Que vous souhaitiez créer vos propres pilotes d’instruments LIMS ou que les services professionnels de LabVantage les créent pour vous, SDMS a la possibilité de connecter n’importe quel instrument ou logiciel à votre système LabVantage.
