La première utilisation d’un système de gestion d'information de laboratoire (LIMS) pour les enquêtes judiciaires est une étape importante dans l’histoire des LIMS. Malheureusement, cela s’est produit à la suite d’une terrible tragédie : le crash du vol 3054 de TAM Airlines à São Paulo, au Brésil, le 17 juillet 2007.
Un Airbus 320 a perdu le contrôle lors de son atterrissage sur une piste glissante de l’aéroport de Congonhas, glissant sur l’autoroute et s’écrasant contre un immeuble de bureaux et une station-service de TAM Airlines.
L'explosion qui s'en est suivie a tué la totalité des 189 passagers ainsi que les 10 employés qui travaillaient dans le bâtiment. Il a fallu plus de six heures aux pompiers pour maîtriser l’incendie.
Il semblait pratiquement impossible d'aider les familles des victimes de l'accident à tourner la page. Les experts se sont demandé s'il était possible de trouver du matériel biologique contenant de l'ADN viable pour le génotypage, étant donné que les victimes avaient été exposées à des températures estimées à environ 2,000° C.
La tâche serait complexe, mais l'équipe de l'Institut pénal de São Paulo (IC), aidée par LabVantage, était déterminée à la mener à bien.
Pionnier d’une nouvelle utilisation du LIMS
En août 2009, LabVantage a acquis la branche SQL*LIMS d'Applied Biosystems.[1] Cette acquisition a conduit l'équipe de LabVantage à s'impliquer dans un partenariat avec l'Institut criminel de São Paulo afin de l'aider dans ses efforts de deux manières essentielles :
- Les spécialistes de l'application sur le terrain aideraient à la quantification et à l'électrophorèse de l'ADN au laboratoire d'ADN de l'IC.
- L’équipe de LabVantage aiderait à créer une base de données pour gérer les profils des victimes et de leurs proches à l’aide du logiciel SQL*LIMS. Le logiciel serait ensuite utilisé pour comparer les profils à l’aide d’une analyse statistique de la parenté.
À l'époque, les LIMS n'avaient pas encore été utilisés pour l'analyse des liens de parenté par identification humaine. Ces systèmes étaient principalement configurés pour des applications de biobanques, de l'industrie pharmaceutique, alimentaire et chimique afin d'optimiser les processus de gestion des échantillons, de contrôle de la qualité et d'assurance.
Pour répondre aux défis particuliers de ce projet, l’équipe de LabVantage a repensé le logiciel LIMS, en y ajoutant un outil conçu spécifiquement pour la recherche de données et la mise en correspondance de profils ADN sur la base d'une analyse de parenté. Un calcul statistique a été réalisé dans le but de comparer les profils ADN.
Préparation des échantillons
Des groupes d'informations familiales ont été créés pour chaque victime à partir d’échantillons de sang prélevés auprès de leurs proches. Les échantillons des victimes elles-mêmes ont été plus difficiles à obtenir, mais ils ont été prélevés à partir de tout matériel biologique disponible, dont le sang, les os, les tissus et les muscles. Au total, 280 lots récupérés sur le site du crash ont été soumis à des extractions d’ADN.
Plusieurs méthodes d’extraction différentes ont été utilisées, chacune adaptée au type de matériau, à son état de conservation et à l'importance des dommages causés par la chaleur. Environ 570 extractions d’ADN ont été effectuées au total, dont quelques répétitions et rééchantillonnages.
Après l’isolement, la quantité d’ADN dans chaque échantillon a été mesurée par PCR en temps réel, à l’aide du kit de quantification de l’ADN humain Quantifiler®. Les concentrations d’ADN ont été ajustées pour une efficacité optimale pendant le processus d’amplification par PCR. Le même protocole a été utilisé pour le génotypage de l’ADN des échantillons provenant des familles des victimes. Environ 550 réactions d’amplification ont été réalisées avec le kit d’amplification PCR AmpFlSTR® Identifiler® et 200 avec le kit d’amplification PCR AmpFlSTR® Yfiler®. Après l’électrophorèse capillaire et l’interprétation des données, les profils résultants ont été stockés dans le LIMS.
Environ 55 des échantillons présentaient une dégradation significative de l’ADN. Pour compenser cela, ces échantillons ont été amplifiés à l’aide du kit d’amplification PCR AmpFlSTR® MiniFiler™, ce qui leur a permis de compléter les profils partiels obtenus avec les autres réactifs. Cette approche a connu un tel succès que sur les 280 lots reçus par le laboratoire d’ADN d’IC, seuls deux n’ont pas donné de résultats concluants en ne produisant aucun profil, même partiel.
Le LIMS au travail
Toutes les informations recueillies ont été stockées dans la base de données du LIMS afin de pouvoir comparer les profils des proches avec ceux des victimes en vue de déterminer les identités. Chaque recherche dans la base de données a pris environ une minute. L’ensemble du processus, de l’extraction à la recherche dans la base de données, a pu être réalisé en moins de 48 heures grâce aux différentes technologies utilisées.
La base de données a été utilisée pour stocker une variété d’informations, dont les enregistrements des parents, les relations entre les victimes et leurs proches, les profils ADN, des informations de base sur les victimes et les méthodes de recherche à utiliser. Différentes méthodes de recherche ont été utilisées selon les types de relations entre les victimes et leurs proches, notamment la maternité, la paternité, la paternité inversée et la fratrie. Certaines victimes ont été identifiées par l’anthropologie médico-légale ou d’autres méthodes. Seulement 22,86 % des profils de victimes n’avaient aucune correspondance dans la base de données parce que les parents n’avaient pas fourni leur échantillon biologique à des fins de comparaison.
Écrire l’histoire du LIMS
Le projet de São Paulo a marqué la première utilisation d'une base de données ADN à des fins d'identification humaine au Brésil. Cette percée a été rendue possible grâce à l’utilisation d’un outil personnalisé développé spécifiquement à cet effet par l’équipe de LabVantage.
Grâce à ces outils, une équipe (composée de 8 spécialistes de l'application sur le terrain, d’experts de l'IC et de médecins policiers de l’Institut de médecine légale) a pu identifier positivement 126 des 185 victimes à partir des échantillons prélevés. Même si le partenariat devait durer 60 jours, toutes les identifications ADN ont été effectuées en un mois. Rien qu’au cours des 15 premiers jours, le logiciel LabVantage a été développé, le flux de travail a été établi, les profils ont été saisis dans la base de données et la majorité des victimes ont été identifiées.
Malgré l’événement tragique qui a conduit à cette enquête, ce partenariat a surmonté des défis importants, prouvant qu’il était possible d’utiliser les profils génétiques pour identifier les victimes de catastrophes majeures.
Aujourd'hui, LabVantage poursuit ce travail de pionnier en lançant LabVantage Forensic Navigator. Découvrez comment cette approche spécialisée du LIMS peut faciliter les flux de travail liés à l'ADN et améliorer les enquêtes grâce à des outils conçus spécifiquement pour les besoins uniques des enquêtes médico-légales.
[1] Des informations supplémentaires sur cette acquisition sont disponibles sur www.labvantage.com
